动画1-100
(主线)001集：云霄飞车杀人事件 漫画File.1 // 毛利兰登场；琴酒、伏特加登场；新一被灌下毒药变成柯南
(主线)002集：董事长千金绑架事件 漫画File.2-5 // 毛利小五郎、阿笠博士登场；柯南开始寄宿毛利家；小兰承认喜欢新一
003集：偶像密室杀人事件 漫画File.6-9 // 冲野洋子、目暮十三登场；领结型变声器登场
004集：大都会暗号地图事件 漫画File.36-39 // 少团
(主线)005集：新干线大爆破事件 漫画File.33-35 // 得知琴酒、伏特加名字；动画组改剧情；窃听器登场；柯南差点坦白身份
(主线)007集：每月一件礼物威胁事件 漫画File.26-29 // 小兰第一次怀疑柯南是新一
008集：美术馆杀人事件 漫画File.30-32
009集：天下第一夜祭杀人事件 漫画File.59-61 // 横沟参悟登场
010集：足球选手恐吓事件 漫画File.68-71 // 便当型携带式传真机登场
011-012集：钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件 漫画File.62-67
013集：步美被绑架了 漫画File.81-83 // 少团；附有涡轮驱动引擎的滑板登场
014集：奇怪的寻人事件 漫画File.13-16 // 宫野明美登场并死亡（动画组改编版）；犯人追踪眼镜、贴纸信号发射器登场
016集：消失的尸体 漫画File.56-58 // 少团（正式成立）；侦探团徽章登场
017集：古董收藏家杀人事件 漫画File.52-55
019集：六月新娘杀人事件 漫画File.78-80 // 松本清长登场
021集：鬼屋杀人事件 漫画File.17-19 // 少团登场；伸缩背带登场
023-024集：豪华客轮连续杀人事件 漫画File.20-25 // 手表型麻醉枪登场；真正第一针
028-029集：小五郎同学会杀人事件 漫画File.84-86
032集：电视台杀人事件 漫画File.102-104
033集：咖啡店杀人事件 漫画File.105-107 // 妃英理登场
035-036集：山庄绷带怪人之杀人事件 漫画File.40-44 // 铃木园子、铃木绫子登场；园子第一次推理
039集：红鬼村火祭杀人事件 漫画File.10-12 // 脚力增强鞋登场
040-041集：企业家千金杀人事件 漫画File.87-91
043集：卡拉OK杀人事件 漫画File.45-48 // 柯南用新一声音破案
(主线)044集：江户川柯南诱拐事件 漫画File.49-51 // 工藤有希子、工藤优作登场；父母得知柯南真实身份
047集：雪山山庄杀人事件 漫画File.99-101
(主线)049-050集：外交官杀人事件 漫画File.92-96 // 服部平次登场；柯南第一次变回新一
051集：图书馆杀人事件 漫画File.96-98 // 少团
053-054集：雾天狗传说杀人事件 漫画File.108-110 // 纽扣型扩音器登场
(主线)056集：电玩公司杀人事件 漫画File.114-116 // 龙舌兰登场并死亡
(主线)059-060集：福尔摩斯迷杀人事件 漫画File.117-121 // 服部平次得知柯南真实身份
062集：插画画家杀人事件 漫画File.125-127
065集：大怪兽哥美拉杀人事件 漫画File.128-130 // 少团
070-072集：暗夜公爵杀人事件 漫画File.72-77
074集：三胞胎别墅杀人事件 漫画File.122-124
077集：金融公司社长杀人事件 漫画File.147-149
078-079集：柯南对怪盗基德 漫画File.156-159 // 黑羽快斗；铃木史郎、茶木神太郎、中森银三、铃木朋子登场
080-081集：名家连续惨死事件 漫画File.150-153 // 服部；服部平藏登场
084-085集：当红艺人绑架事件 漫画File.144-146 // 少团
087-088集：滑雪别墅杀人事件 漫画File.139-143 // 耳环型手机登场
094集：抢匪住院事件 漫画File.166 // 少团
(主线)099-102集：走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 漫画File.131-138 // 小兰第二次怀疑柯南是新一；山村操登场
动画101-200
104-105集：名陶艺家杀人事件 漫画File.160-162
106-107集：初恋情人回忆事件 漫画File.173-175
108-109集：古装剧演员杀人事件 漫画File.170-172 // 高木涉登场
110-111集：窃盗集团别墅事件 漫画File.167-169
118集：帝丹小学七大离奇事件 漫画File.154-155 // 少团；小林澄子登场
120-121集：有氧潜水杀人事件 漫画File.163-165
122-123集：推理小说家失踪事件 漫画File.182-184
124-125集：浪花连续杀人事件 漫画File.185-188 // 服部；远山银司郎、远山和叶、大泷悟郎、沼渊己一郎登场
128-129集：浴室密室事件 漫画File.197-199
(主线)135集：黑暗组织十亿元抢劫事件 // 柯南首次正式追踪黑暗组织；宫野明美死亡
(同时出现)136-139集：来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 漫画File.176-181 // 少团；宫野志保（灰原哀）登场；柯南得知毒药名为APTX4869；羽田浩司名字首次出现
(小哀)140-141集：竞技场一视同仁胁迫事件 漫画File.189-191 // 少团；佐藤美和子登场；灰原暗指组织半世纪前的计划
142-144集：魔术爱好者杀人事件 漫画File.192-196 // 基德
(小哀)145集：消失的凶器搜索事件 原创
(小哀)146-147集：蓝色古堡探索事件 漫画File.200-203 // 少团；手表型手电筒登场
(小哀)148-149集：最终播映杀人事件 漫画File.222-224 // 少团
(小哀)150集：SOS！步美传达的讯息 原创
151-152集：结婚前夕的密室事件 漫画File.211-214 // 服部
154-155集：上野出发的北斗星三号 漫画File.215-218
(小哀)156-157集：总局刑警恋爱物语 漫画File.208-210 // 白鸟任三郎登场；宫本由美被提及
163-164集：园子的危险夏日物语 漫画File.219-221 // 京极真登场
(小哀)166-167集：总局刑警恋爱物语2 漫画File.231-233
172-173集：飞天密室 工藤新一最初的事件 漫画File.204-207
174-175集：月亮、星星与太阳的秘密 漫画File.111-113 // 少团；变声笔登场；动画中灰原哀已上线但没有参与本集剧情
177-179集：鸟取蜘蛛之家的古怪 漫画File.246-250 // 服部
181-182集：黑暗中的死角 漫画File.234-237 // 新出智明登场
183-184集：复活的死亡讯息 漫画File.243-245
(小哀)185-188集：二十年后的杀机 交响乐号连续杀人事件 漫画File.225-230 // 服部
(同时出现)190-192集：与黑暗组织的再会 漫画File.238-242 // 贝尔摩得登场；灰原第一次变回宫野志保；匹斯克登场并死亡；乌丸莲耶被提及
(主线)193集：危命的复活 负伤的名侦探 前导剧情
(小哀)196集：九道门大搜索 原创
动画201-300
(同时出现)203-208集：生死一瞬间（危命的复活系列） 漫画File.251-260 // 少团；服部；纽扣信号发信器、口罩型变声器登场；小兰第三次怀疑柯南；柯南第二次变回新一
(小哀)209集：饶富意味的音乐盒（上集） 漫画File.261-262
210集：饶富意味的音乐盒（下集） 漫画File.263
214-215集：嫌疑犯毛利小五郎 漫画File.264-266
(小哀)220-221集：总局刑警恋爱物语3 漫画File.267-269
(小哀)228-229集：蘑菇、山熊与侦探队 漫画File.273-275 // 少团
233-234集：目暮警官尘封在内心里的秘密 漫画File.284-286
(主线)235-238集：名侦探齐聚一堂！工藤新一VS怪盗基德 漫画File.299-302 // 怪盗基德剧情；白马探登场；乌丸莲耶再次被提到
239-240集：满口谎言的委托人 漫画File.276-278 // 池波静华、榎本梓登场
241-243集：人鱼失踪记 漫画File.279-283 // 服部
(小哀)244集：生意兴隆的秘密 原创
(主线)245-246集：战斗游戏的陷阱 漫画File.270-272 // 朱蒂初登场
247-248集：暗藏杀机的陶艺教室 漫画File.305-307
(同时出现)249-250集：神秘乘客 漫画File.287-289 // 赤井秀一初登场；【新出】开始为贝尔摩得假扮；灰原组织雷达生效
(小哀)252-253集：未消失的证据 漫画File.290-292 // 少团
257-258集：大阪3K事件 漫画File.293-295 // 服部
259-260集：新干线护送事件 漫画File.296-298 // 宫本由美登场
(小哀)261集：元太的灾难 漫画File.303-304 // 少团；得知琴酒是左撇子
262-263集：毛利小五郎闹双胞 漫画File.308-310
(小哀)265-266集：网中谜 漫画File.311-313 // 少团
268-269集：偶像的秘密 漫画File.322-324
272-273集：总局刑警恋爱物语4 漫画File.328-330 // 【新出】医生是贝尔摩得假扮的
(同时出现)277-278集：来自芝加哥的男人 漫画File.325-327 // 少团；詹姆斯·布莱克登场；赤井秀一暗中监视
282-285集：大阪双重疑案 浪花剑客与太阁城 漫画File.314-321 // 服部；冲田总司登场
(小哀)288集：情人节的真相（事件篇） 漫画File.331-332
289-290集：情人节的真相（推理篇/解决篇） 漫画File.333-334
(小哀)291-292集：犯罪的纪念品 漫画File.335-337 // 少团；毛利小五郎破案卷宗被偷开始被组织调查；赤井秀一在侦探事务所附近露脸
293-294集：情急之下的应变之道 漫画File.338-340
296-297集：幽灵鬼屋的真相 漫画File.355-357 // 【新出】（贝尔摩得假扮）登场
(小哀)298集：警察手册丢失事件 原创
(同时出现)299-300集：英文老师vs关西名侦探 漫画File.341-343 // 服部；调查朱蒂
动画301-400
(小哀)301-302集：疯狂足球迷 漫画File.344-346 // 少团；比护隆佑登场；调查克丽丝·温亚德
306-307集：中华街的雨中幻影 漫画File.347-349 // 横沟重悟登场
(主线)308-310集：工藤新一的纽约事件 漫画File.350-354 // 新兰名场面；新一结束十几年单恋；小兰回忆起FBI与银发杀人魔往事
(小哀)311-312集：光彦森林迷失记 漫画File.358-360 // 少团；沼渊己一郎又出场了（揭露他是组织的基层成员）
313-315集：孤岛之花与海龙宫 漫画File.361-365 // 服部
(小哀)316-317集：爱与决断的冲击 原创
(小哀)323-324集：恶意与圣者的游行 漫画File.366-368 // 少团；松田阵平被提及
(小哀)326-329集：震撼警政厅 1200万人质 漫画File.369-373 // 松田阵平登场；萩原研二被提及；新兰的心灵感应
330-331集：看不见的嫌犯 漫画File.374-376
(主线)332-333集：残留下来的无声证言 漫画File.377-379 // 得知龙舌兰曾找过板仓卓（开发某种程序）；赤井秀一又出现啦
(同时出现)334-336集：接触黑色组织 漫画File.380-383 // 足球腰带登场；柯南得知赤井秀一是FBI；柯南伪装成板仓卓和组织进行交易；赤井秀一遇到灰原哀
(小哀)337-338集：沾染夕阳的女儿节娃娃 漫画File.384-386 // 少团；提到灰原父母信息
341-342集：被玷污的蒙面英雄 漫画File.387-389
348-349集：服部平次一筹莫展！ 漫画File.390-392 // 服部
350-352集：火焰中的红马 漫画File.393-397 // 服部
(小哀)354-355集：用钱买不到的友情 漫画File.398-400 // 少团；提到灰原父母信息
356-357集：疑惑的辣味咖喱 漫画File.407-409
358-359集：相似的两位公主 漫画File.413-416
(小哀)360-361集：东都现像所的秘密 漫画File.417-419 // 少团；赤井秀一出现附带灰原哀的图片
(同时出现)363-364集：4台保时捷 漫画File.420-422 // 朱蒂怀疑灰原哀是宫野志保；赤井秀一监听【新出】；【新出】与灰原哀见面；赤井秀一监听博士家
(同时出现)365-366集：隐藏在厕所中的秘密 漫画File.423-425 // 贝尔摩得监听阿笠博士家并现身计划暗杀灰原哀
(同时出现)369-370集：便利商店的陷阱 漫画File.426-428 // 新兰的心灵感应；灰原母亲的录音带有留白；小兰发现朱蒂镜子后面的照片其中还有【新出】
(同时出现)371-375集：与黑暗组织直面对决 满月之夜的双重谜案 漫画File.429-434 // 服部；贝尔摩得知道柯南就是新一；朱蒂截胡贝尔摩得；揭开【新出】是贝尔摩得假扮；卡尔瓦多斯登场；小兰救灰原；赤井秀一重创贝姐
(小哀)376-377集：找寻臀部上的记号 漫画File.435-437 // 少团
(小哀)378-379集：爱、幽灵与地球遗产 原创
380-381集：被遗忘的移动电话 漫画File.438-440
384-385集：小小的委托人 漫画File.401-403
386-387集：怪盗基德令人惊异的空中漫步 漫画File.453-456 // 基德；铃木次郎吉登场
(小哀)389-390集：总局刑警恋爱物语5 漫画File.404-406 // 少团
(小哀)392集：帝丹高中校园灵异事件（上集） 漫画File.457 // 这里开始新出医生为本人
393集：帝丹高中校园灵异事件（下集） 漫画File.458-459
(小哀)397-398集：丸见码头的惨剧 漫画File.460-462 // 少团
动画401-500
402-403集：无言的航线 漫画File.463-465 // 柯南开始对手机按键声有反应
(小哀)404集：剧毒蜘蛛的陷阱 原创
(小哀)405-406集：星星与香烟的暗号 漫画File.466-469 // 少团；得知贝尔摩得发送的邮箱地址是鸟取县
(小哀)407集：死亡约定15点 原创
412-413集：谁才是推理王 漫画File.441-444 // 服部
414-417集：甲子园的奇迹向无形的恶魔挑战 漫画File.445-449 // 服部
(小哀)419集：斯托拉帝巴利欧斯不协调的和音（前奏曲） 漫画File.470 // 得知可疑的按键旋律为《七个孩子》也是乌丸莲耶邮箱地址的旋律
420-421集：斯托拉帝巴利欧斯不协调的和音（间奏曲/终曲） 漫画File.471-474
(小哀)424-425集：总局刑警恋爱物语6 漫画File.450-452 // 少团
(小哀)428-430集：诡异宅院大冒险 漫画File.475-478 // 少团；基德；灰原警告柯南绝不可以发邮件
(小哀)432集：诡谲家族的委托（前篇） 漫画File.479-480 // 小兰第四次怀疑柯南是新一
433集：诡谲家族的委托（下集） 漫画File.481-482
(主线)434集：满腹疑惑的小兰 漫画File.483 // 小兰试图确认新一手机密码
(小哀)435-436集：珠宝强盗现行犯 漫画File.484-486 // 少团
(小哀)437-438集：诡异的天使之馆 原创
440-442集：柯南平次之推理魔术 漫画File.487-490 // 服部
(小哀)445-446集：神社鸟居惊人暗号 漫画File.491-493 // 少团
(小哀)448集：侦探团青鸟追踪记 原创
449-451集：佛灭日出现的恶灵 漫画File.494-498
(小哀)452集：米花町斜顶阁楼之家 原创
(小哀)455-456集：银杏色的初恋 漫画File.410-412 // 少团
(小哀)457集：侦探团与毛虫四兄弟 原创
(同时出现)459-463集：黑色冲击！组织之手逼近的瞬间 漫画File.499-504 // 水无怜奈（基尔）登场；发现水无怜奈是黑暗组织同伙；基安蒂、科恩登场；琴酒发现监听器准备袭击侦探事务所；赤井秀一登场反狙击
(小哀)465-466集：超机密的上学路 漫画File.505-507 // 少团
467-468集：无法回头的两个人 漫画File.508-510 // 本堂瑛祐登场
469-470集：总局刑警恋爱物语7 漫画File.511-514
(小哀)473-474集：侦探团特别专访 漫画File.515-517 // 少团
476集：钓鱼MAIL追查记 漫画File.523-524
(小哀)481-482集：叹息的退潮挖蛤蜊 漫画File.525-527 // 少团
483集：俄罗斯蓝猫的秘密 漫画File.528-529
484-485集：被封死的窗户 漫画File.530-532 // 本堂瑛祐跟踪柯南并且被发现
487-488集：总局刑警恋爱物语 虚假的结婚典礼 漫画File.535-537
(小哀)493集：因缘与友情之试映会 漫画File.533-534 // 少团
(小哀)494-495集：颠倒的结局 漫画File.538-540 // 少团
497-498集：园子的红色手帕 漫画File.541-543
(小哀)500集：1年B班大作战 漫画File.548-549 // 少团
动画501-600
502-505集：黑暗组织之影系列 漫画File.550-555 // 水无怜奈暂处于昏迷状态；本堂瑛佑用同样方式测谎；黑暗组织出场；贝尔摩得回忆登场；本堂瑛佑父亲回忆出现
(小哀)506-507集：打不破的雪人 漫画File.556-558 // 少团
(小哀)508集：池塘边的离奇事件 原创
509-510集：怪盗基德与四幅名画 漫画File.544-547 // 基德
(小哀)512-513集：工藤新一少年冒险 漫画File.570-573 // 黑羽盗一登场（过去回忆）；妃英理开始律师生涯
514集：妃英理律师之恋 漫画File.574-575
(小哀)516-517集：元太的必杀球 漫画File.567-569 // 少团
(小哀)518集：真实的三十分钟 原创
519-522集：与服部平次共度的3天 漫画File.559-566 // 服部；柯南委托服部调查水无怜奈与本堂瑛佑
(小哀)524-525集：山妖婆婆的利刃 漫画File.579-581 // 少团
(小哀)526集：消失的巡警 原创
(小哀)527-528集：黑色相片的下落 漫画File.582-584 // 收到服部的线索；获得伊森·本堂与本堂瑛佑照片
(小哀)529集：从右至左的招财猫 原创
530-531集：总局刑警恋爱物语8 左手的无名指 漫画File.576-578
(小哀)532-533集：电视台的恶魔 漫画File.591-593 // 少团
536-537集：服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决 漫画File.518-522 // 服部；初中时期的案件
(同时出现)538-551集：红与黑的碰撞系列 漫画File.585-609 // 揭开伊森·本堂CIA身份；楠田陆道登场并自杀；安德雷·卡迈尔登场；水无怜奈重回组织；赤井秀一【殉职】；卡迈尔回忆朗姆出现
552-553集：律师妃英理的证词 漫画File.610-612
(小哀)554集：卡拉OK包厢的死角（前篇） 漫画File.619-620
555集：卡拉OK包厢的死角（下集） 漫画File.621 // 本堂瑛佑得知柯南真实身份
(同时出现)556-558集：红白黄和侦探团 / 柯南VS双重暗号 / 推理对决！新一vs冲矢昴 漫画File.622-624, 638-640 // 少团；水无怜奈透露【波本】行动；冲矢昴登场并住进工藤家；冲矢昴喝波本酒
560-561集：产生杀意的咖啡香 漫画File.628-630
(小哀)562-563集：怪盗基德的瞬间移动魔术 漫画File.631-634 // 基德
(主线)564-566集：风林火山系列 漫画File.613-618 // 服部；大和敢助、上原由衣登场
(小哀)567-568集：明治维新神秘之旅 原创
(小哀)570-576集：杀人犯工藤新一 + 新一真实身份 + 真正想知道的事 + 憎恨的蓝色火花 漫画File.646-654, 635-637 // 服部；少团；柯南第三次变回新一
577集：真凶送来的包裹 漫画File.641-642
579-580集：以柔克谜 漫画File.643-645
581-582集：都市传说的真相 漫画File.625-627
583集：初恋的伤痕 漫画File.667
(小哀)584-586集：唤起过去的伤痕 + 新伤痕和吹口哨的男子 + 旧伤痕和刑警之魂 漫画File.668-673 // 少团
(小哀)587集：消失名画的秘密 原创
588-589集：怪盗基德vs最强金库 漫画File.674-676 // 基德
(小哀)593-594集：鱼儿消失的一角岩 漫画File.664-666 // 少团；灰原哀对冲矢昴保持警戒
596-597集：雾中惨叫的魔女 漫画File.661-663
动画601-700
(小哀)600-603集：回转寿司之谜 + 凶手是元太的父亲 漫画File.655-660 // 少团
(小哀)605-606集：鹳的探索之旅 原创
(小哀)608集：危险的二人组 漫画File.680-681 // OS：笑死，大和和由衣讲话能把人吓死
(同时出现)609-612集：死亡之馆 赤壁系列 漫画File.682-686 // 诸伏高明登场
(小哀)614-615集：侦探团vs抢匪团 漫画File.677-679 // 少团；透露赤井秀一喜欢波本酒；伤疤赤井登场并开枪救柯南
(小哀)619-620集：白鸟警官 樱花的回忆 漫画File.687-689 // 少团；白鸟找到了初恋情人小林老师
(小哀)622-623集：妖怪仓库的寻宝战争 漫画File.690-692 // 少团；服部
624-625集：令人害羞的护身符的下落 漫画File.693-695 // 服部；小兰想起新一在护身符留下的指纹
(小哀)626集：黑色洋装的不在场证明（上集） 漫画File.696-697
627集：黑色洋装的不在场证明（下集） 漫画File.698
(小哀)628集：萤火虫照亮的真相 原创
(同时出现)629-632集：红色前兆 / 黑色13的暗示 / 黑色期限 / 摇曳的红色目标 漫画File.699-704 // 少团；琴酒怀疑赤井没死并怀疑基尔；伤疤赤井出现在卡迈尔眼前；波本再次被提及；OS：这狙击手被冲矢昴和伤疤赤井都发现…
(小哀)634-636集：小林老师的恋情 + 白鸟警官的失恋 + 超越时空的樱花之恋 漫画File.705-708 // 少团
(小哀)637-638集：消失于黑暗中的麒麟角 + 基德VS四神侦探团 漫画File.712-715 // 少团；基德
640-641集：最糟糕的生日 漫画File.709-711
(小哀)642集：拥有水族馆的家 原创
643-644集：猴子与熊手的追捕令 漫画File.716-718
(小哀)648-649集：蒸气密室的剧本 漫画File.722-724 // 少团
651-652集：河童之梦 漫画File.719-721
(小哀)657-658集：法庭的对决Ⅳ 陪审员小林澄子 原创
659-660集：背叛的白色情人节 漫画File.725-727 // OS：震惊情人节331话，现在才白色情人节
661-664集：被害者是工藤新一 + 犬伏城 炎之魔犬 漫画File.734-740 // 服部
(同时出现)665-672集：日记奏出的秘密 + 福尔摩斯默示录系列 漫画File.728-730, 743-752 // 柯南多次变回新一；新一告白啦！！！！；OS：这抗药性真的没问题吗
(小哀)672-675集：紧急事件252 + 初恋的录影信 漫画File.753-755, 741-742 // 少团；三池苗子登场
676-677集：手术室惊魂 漫画File.756-758
678-679集：柯南与基德的龙马宝物攻防战 漫画File.731-733 // 基德；怪盗淑女被提及并猜到是基德母亲
(小哀)682集：花钟见证的真相 原创
683集：时间守护者之剑（上集） 漫画File.762
(小哀)684集：时间守护者之剑（下集） 漫画File.763-764
(小哀)693-694集：纸牌游戏千钧一发 漫画File.759-761 // 少团
695-696集：美味得要死的拉面 漫画File.765-767 // OS：这个店不打算改名字吗？
(主线)697-698集：幽灵饭店的推理对决 漫画File.768-770 // 世良真纯登场
(小哀)699-701集：侦探事务所挟持事件 漫画File.771-774 // 世良
动画701-800
702-703集：柯南VS平次 东西侦探推理对决 漫画File.778-780 // 服部；世良；卡迈尔与朱蒂觉得世良眼熟；詹姆斯认出世良是女生
704-707集：毒和幻的设计系列 漫画File.781-786 // 服部；米原樱子登场；米原樱子注意到柯南人前人后变化；和叶第一次告白失败
(小哀)708-709集：博士的影音网站 漫画File.775-777 // 少团；世良；世良看见视频中的灰原哀；冲矢昴监听对话
(小哀)711-712集：初恋情人的共同调查 漫画File.790-792 // 少团发现了三池苗子是千叶的初恋情人
713-714集：小五郎先生是一个好人 漫画File.787-789
(小哀)715-716集：追逐深山锹形虫 + 名犬酷儿的功劳2 原创
(主线)719-720集：婚礼前夕 漫画File.793-795 // 安室透登场【私家侦探身份】并在波洛打工
(小哀)721-722集：黑暗塔的秘宝 原创
(同时出现)723-728集：侦探们的夜想曲 + 一点都不能原谅 漫画File.796-803 // 少团；世良；安室透、冲矢昴、世良真纯同时戴耳机接贝尔摩得电话；世良目击伤疤赤井；灰原意识到冲矢昴与诸星大相似；OS：啊哦柯南被绑架了
(小哀)733-735集：赌上性命的恋爱转播 漫画File.804-808 // 少团；回忆中伊达航登场；安室透在伊达航墓前现身并称呼为朋友
(小哀)736-737集：泡沫、热气与烟 漫画File.809-811 // 冲矢昴疑似与宫野明美做过保护灰原的约定并阻止灰原查看颈部
(小哀)738-739集：安装计时炸弹的车 + 无人能解的冰之陷阱 原创
(同时出现)742-743集：工藤优作的未解决事件 漫画File.812-814 // 世良与冲矢昴见面；冲矢昴察觉到柯南真实身份；小兰对柯南产生既视感
(小哀)748集：花坛破坏者的阴谋 原创
(小哀)750集：怎么可能！UFO坠落事件 原创
(同时出现)751-756集：迫近灰原秘密的黑影 + 漆黑的神秘列车 漫画File.815-824 // 少团；世良；基德；灰原第二次变回志保；安室透揭开【波本】身份；伤疤赤井为贝姐假扮；基德扮演成人灰原被炸“假死”；冲矢昴露赤井秀一特征眼
(主线)757-758集：密室中的柯南 + 揭开谜底的波本 漫画File.825-827 // 安室透注意到柯南手表并对沉睡的小五郎感兴趣；OS：吓死柯南安室透又出现了
(小哀)760集：缓慢坠落的男子 原创
762-763集：大家都看见了 漫画File.831-833 // 服部
764-767集：服部平次与吸血鬼馆 漫画File.834-840 // 服部
(小哀)772-775集：火与水的神秘旅行原创 + 又甜又冷的宅急便 漫画File.841-843 // 少团
776-777集：怪盗基德与赤面人鱼 漫画File.828-830 // 基德；世良；世良对帽子上有哥哥的味道感到疑惑；OS：可怜的基德
779-780集：装满水果的宝箱 漫画File.844-846 // 世良；柯南与小兰怀疑曾与世良见过面
(小哀)782集：过于完美的模型 原创
(小哀)783-784集：现场的邻人是前男友 漫画File.847-849 // 少团；羽田秀吉登场；OS：倒霉小女仆竟然出现了
(小哀)786-787集：茱蒂的回忆与赏花的陷阱 漫画File.850-852 // 少团；灰原觉得赤井与诸星大相似；波本和贝尔摩得监听并称柯南为可怕的男人
(小哀)788-790集：带暗号的请帖 + 疑惑的散步道 原创
791-792集：小五郎在酒吧里 漫画File.853-855 // 柯南意识到被波本和贝尔摩得接近
(小哀)793集：小兰也倒在浴室了（上集） 漫画File.856 // 世良；安室透跟踪柯南
794集：小兰也倒在浴室了（下集） 漫画File.857-858 // 世良与二哥通话
(小哀)795集：与J联盟球员的约定 原创
797-798集：嫌疑犯是京极真 漫画File.859-861 // 世良提及二哥；暗示【魔法师】
799-800集：怪盗基德vs京极真 漫画File.862-864 // 基德；OS：可怜基德差点吓死
动画801-900
(小哀)801-802集：总局刑警恋爱物语（表白/真相） 漫画File.869-871 // 少团
(小哀)803集：被海背叛的男子 原创
(小哀)804-805集：招财三毛猫事件 漫画File.865-868 // 安室透称柯南为“用天真无邪笑脸来扮猫吃老虎”
807集：红衣女的惨剧（水蒸气） 漫画File.872-873 // 世良提到兄妹三人姓氏各不相同
(主线)808-809集：红衣女的惨剧（恶灵/报仇） 漫画File.874-875 // 揭开【魔法师】就是柯南本人；世良故意让柯南看到【领域外妹妹照片】
812-813集：恋爱小说的意外结果 漫画File.876-878 // 世良；柯南监听器被发现；领域外的妹妹登场
(小哀)816-817集：柯南与平次 恋爱的暗号 漫画File.879-881 // 服部；少团；平和名场面“你要对我的和叶干什么！！”
(小哀)818-819集：堤无津川风筝事件 漫画File.885-887 // 少团
(小哀)820集：消失在暴风雪中的恋人 + 灰原哀监禁事件 + 麻烦的急救患者 原创
(小哀)822-823集：工藤新一水族馆事件（上/下） 漫画File.882-884 // 去游乐园前的故事
(主线)823-824集：气氛僵硬的茶会 漫画File.888-890 // 安室透调查楠田陆道并被柯南发现对【零】敏感
(小哀)827集：消失的蒙克的呐喊 原创
(主线)832集：绯色的序章 漫画File.891-893 // 安室透与FBI碰面
(同时出现)833集：绯色的追寻 漫画File.892-893 // 柯南询问安室透身份并猜到【公安】身份；卡迈尔被贝尔摩得套话；OS：吓死小孩
(主线)834-836集：绯色系列（交叉/回归/真相） 漫画File.894-898 // 安室透猜出冲矢昴是赤井秀一；赤井秀一登场；揭开安室透【降谷零公安身份】；波本与贝尔摩得达成合作；基尔透露【朗姆】行动；OS：骗子组上线工藤一家好忙
(同时出现)838-839集：太阁恋爱的名人战 漫画File.899-902 // 少团；领域外妹妹和冲矢昴看到羽田秀吉夺冠很高兴
840-841集：沉入盛夏游泳池的谜团 漫画File.903-905 // 世良；小兰觉得世良与领域外妹妹很眼熟
(同时出现)845-846集：三个第一发现者 漫画File.906-908 // 少团；柯南从灰原口中得知朗姆是二把手及相貌特征（有只义眼）
(小哀)848集：年轻妻子失踪的秘密 原创
(小哀)851-852集：移动的目标 + 侦探团的密室推理比赛 原创
(小哀)856集：小心火烛的陷阱 原创
(小哀)857-858集：柯南与海老藏 歌舞伎十八番之谜 原创特辑
863-864集：镰鼬旅馆 漫画File.909-912 // 服部；OS：柯南思考大和警官是朗姆的可能性
(主线)865-867集：县警的黑暗 漫画File.913-917 // 黑田兵卫登场；OS：吓死柯南又来了一个嫌疑人
(小哀)868集：悄悄靠近安室的黑影 原创
(小哀)869-870集：博客女星密室事件 漫画File.918-920 // 少团；黑田兵卫成为警视厅搜查一课管理官
(小哀)871集：令人遗憾的温柔外星人 原创
(小哀)877-878集：嫌犯是热恋情侣 漫画File.925-927
882-883集：好吃得要死的拉面2 漫画File.928-930 // 世良；柯南获得手帕猜测领域外妹妹名字为玛丽
(小哀)884集：不可思议的少年 原创
885-887集：被僵尸包围的别墅 漫画File.931-935 // 服部；服部平次第一次正式告白失败
891-892集：关系不好的女子乐队 漫画File.936-938 // 世良；诸伏景光在回忆中登场；证实世良为赤井秀一妹妹；诸伏景光为公安卧底（已殉职）
(小哀)898-899集：不明真相的侦探团 漫画File.939-941 // 少团；柯南发现灰原哀的脸与领域外妹妹很相似
(小哀)900-901集：黑暗中陷入绝境的柯南 原创
动画901-1000
902-903集：千叶的UFO疑难事件 漫画File.942-944 // 柯南开始思考赤井一家与灰原哀的血缘关系
(同时出现)904-905集：结婚申请书的密码 漫画File.945-947 // 少团；羽田浩司为秀吉义兄；灰原告知羽田浩司在APTX4869名单中排在工藤新一下面
(主线)908-909集：樱花班的回忆（兰GIRL/新一BOY） 漫画File.921-924 // 新兰必看两集
(小哀)914集：漆黑的登山路线 原创
(同时出现)916-917集：与17年前同样的现场 漫画File.948-950 // 调查羽田浩司案发现阿曼达·休斯与浅香信息；推测羽田浩司案凶手为朗姆
(主线)918-919集：灵魂侦探杀害事件 漫画File.951-953 // 世良；领域外妹妹使用蝴蝶结破案；世良称其为妈妈；OS：小五郎好惨又被组织列入名单
(小哀)920集：毒舌八哥 原创
(主线)921-922集：背叛的舞台 漫画File.954-957 // 揭开诸伏景光去世过程；安室透与贝尔摩得调查浅香；小兰识破贝姐伪装
(小哀)923集：能听见汽笛声的旧书店 原创
(小哀)924-925集：消失在断崖上的柯南 原创
(小哀)926集：信长450周年事件 原创
927-929集：柯南与平次的鵺传说 漫画File.958-962 // 服部；平次第二次正式告白失败；大冈红叶登场
(小哀)932集：命运交错的两人 原创
933-934集：试衣间的死角 漫画File.969-971 // 世良；柯南发现世良来自英国并想起10年前记忆
(主线)936-937集：涟漪中的魔法师 漫画File.972-974 // 新一10年前与赤井一家相遇；赤井玛丽登场（正身）；柯南猜测领域外妹妹即玛丽
940-941集：解谜就在白罗咖啡厅 漫画File.981-983 // 服部；平次第三次告白失败；伊织无我登场
(小哀)942-943集：怪盗基德的机关盒 漫画File.963-965 // 基德
(同时出现)944-945集：新老师的骸骨事件 漫画File.966-968 // 少团；若狭留美登场；OS：这个老师有秘密还关注着柯南
(主线)949-950集：隔壁的江户式推理秀 漫画File.975-977 // 胁田兼则登场；柯南注意到他的眼睛
(同时出现)951-952集：手臂白皙的女人 漫画File.978-980 // 少团；若狭武力值高；柯南、黑田、胁田都注意到若狭
(小哀)953集：蛋糕融化了！ 原创
(主线)956-957集：妃律师的求救信号 漫画File.984-986 // 小兰第五次怀疑柯南是新一
(小哀)959集：两败俱伤的真相 原创
(小哀)962集：J联赛的保镖 原创
(同时出现)964-965集：燃烧帐篷的怪物 漫画File.987-989 // 少团；黑田兵卫与若狭留美碰面；柯南与灰原发现若狭右眼失明；柯南注意到若狭口袋中的将棋
971-972集：恋爱与推理的剑道大赛 漫画File.990-993 // 服部；平次第四次正式告白失败
974-975集：三名女高中生的秘密咖啡店 漫画File.994-996
(小哀)977集：消失的少年侦探团 原创
(小哀)978集：柯南不在的日子 原创
(同时出现)980-981集：饱含心意的手机挂件 漫画File.997-999 // 少团；风见裕也登场；灰原哀痛失比护挂件
(同时出现)982-985集：红色的修学旅行系列 漫画File.1000-1005 // 服部；柯南第七、八次变回新一；世良得知解药信息；若狭、黑田、胁田都注意到工藤新一信息；新兰最最最名场面！！！
(小哀)987-988集：伫立于窗边的女人 原创
(小哀)995-996集：巨人塔罗斯的必杀拳 原创
(小哀)997集：惊心动魄的化石采集 原创
(同时出现)998-999集：寻找玛丽亚 漫画File.1006-1008 // 少团；新兰开始交往啦；朗姆向波本索取工藤新一线索；工藤优作推理出黑暗组织BOSS真实身份为乌丸莲耶
动画1001-1100
(小哀)1001-1002集：点赞的代价 原创
(小哀)1005集：被恐龙击溃的男人 原创
(小哀)1008集：能听见汽笛声的旧书店2 原创
(主线)1009-1011集：充满谜团的鸡尾酒 漫画File.1009-1012 // 宫野厚司、宫野艾莲娜登场（安室透幼年回忆）；赤井秀一与安室透在工藤家持枪对峙（工藤宅茶会）
(小哀)1017集：未亡人与侦探团 原创
(小哀)1019-1021集：毛利小五郎大演讲会 原创
(小哀)1022-1025集：大怪兽哥梅拉VS假面超人 原创特辑
(同时出现)1028-1031集：目标是警视厅交通部 漫画File.1013-1017 // 冲矢昴出手保护由美；千叶与苗子终于相认；黑田与安室透联络并称其为【波本】
(小哀)1035集：对岸的案件 原创
(小哀)1038-1039集：欢迎来到少爷亭 原创
1040-1041集：基德对高明 被盯上的嘴唇 漫画File.1018-1021 // 服部；基德；高明收到景光遗物；OS：哈哈平次初吻差点给基德了
(小哀)1046集：步美绘图日记事件簿 原创
1050-1051集：替身京极真（前篇/中篇） 漫画File.1022-1025 // 世良；世良推测柯南身边有同样变小境遇的人
(小哀)1052集：替身京极真（后篇） 漫画File.1026 // 世良打探到灰原哀的情报
(小哀)1059集：米花商店街垃圾之谜 原创
1060-1062集：36宫格的完美犯罪 漫画File.1027-1031 // 诸伏高明对安室透感到眼熟；安室透向柯南透露朗姆性格急躁
(小哀)1068-1069集：采野菜与四叶草 漫画File.1032-1034 // 少团；若狭留美回忆起羽田浩司并捂住右眼，被柯南与灰原注意到
(小哀)1075-1077集：藏不住的古董盘 漫画File.1035-1038 // 世良试探灰原哀；柯南推测赤井玛丽为MI6特工；赤井秀一怀疑母亲变小；世良怀疑冲矢昴是秀一
(小哀)1080集：能听到汽笛声的旧书店3 原创
(小哀)1081集：大冈红叶的挑战书（上集） 漫画File.1039-1040 // 服部
1082集：大冈红叶的挑战书（下集） 漫画File.1041-1042 // 平次第五次正式告白失败；得知羽田浩司是富家公子，暗示帮助世良的是羽田家
(小哀)1090-1092集：太阁名人的将棋盘（初手/妙手/将军篇） 漫画File.1043-1046 // 秀吉和赤井有专机联系；玛丽不知道秀一还活着；秀吉不知玛丽变小
(小哀)1098集：无法言说的不在场证明 原创
动画1101-1200
1102-1103集：遭天谴的生日宴 漫画File.1047-1050 // 世良；赤井玛丽回忆在伦敦被喂药过程；世良偷解药失败
(小哀)1109集：少年侦探团的试胆冒险 原创
1110-1111集：掉入牧场的火种 漫画File.1051-1054 // 少团；安室透捡到若狭携带的羽田浩司将棋；若狭把安室透打晕夺回将棋
1116-1117集：冲野洋子和阁楼的密室 漫画File.1055-1057 // 安室透盯着若狭留美的照片
(小哀)1119集：雨和恶性循环 原创
(小哀)1124集：恋爱的商店街 原创 // OS：只有惊鸿一瞥，差点错过
(小哀)1125集：圆谷光彦的侦探笔记 原创
1128-1129集：工藤优作的推理秀 漫画File.1058-1060 // 贝尔摩得与FBI结尾登场
(小哀)1130集：侦探团追踪抢劫案 原创
(主线)1135-1137集：黑暗组织的谋略（狩猎/上岸/真身） 漫画File.1061-1066 // 琴酒伏特加枪杀FBI；柯南得到朗姆换脸改名信息；揭露朗姆真实身份为胁田兼则
(小哀)1138集：对准哀酱的摄像头 原创
(小哀)1139集：胖胖的可爱秋田犬 原创
(小哀)1141集：职业联赛决赛背后 原创
1143-1144集：不祥的缘分 漫画File.1067-1069 // 服部；从服部处得到启发思考朗姆伪造的名字
(小哀)1145集：步美的绘画日记3 原创
(小哀)1149集：女生聚会疑案 原创
(小哀)1150集：暗中监视2 原创
(同时出现)1151-1152集：宫野明美的时间胶囊 漫画File.1070-1072 // 少团；明美留给志保的信件；若狭留美怀疑灰原哀身份并盯着远去的朗姆背影
(小哀)1154集：圆谷光彦的侦探笔记2 原创
1156-1157集：风之女神 萩原千速 漫画File.1073-1075 // 萩原千速登场
(小哀)1162集：真犯人逃走中 原创
1163-1164集：基德对决安室 王妃的刘海 漫画File.1076-1078 // 基德；安室透怀疑见过怪盗基德
(小哀)1166集：隐藏在卡牌中的秘密 原创
(小哀)1167-1168集：高木、伊达与笔记本的约定 漫画File.1079-1081 // 佐藤感觉与安室透似曾相识
1173-1174集：千速与重悟的相亲大会 漫画File.1085-1087
(小哀)1176集：女王聚会疑案 原创
1181-1182集：群马与长野县边境上的遗体 漫画File.1082-1084 // 山村操与诸伏高明初见面
1188-1189集：三对情侣的出轨嫌疑 漫画File.1091-1093
1193-1194集：大冈红叶的甜蜜陷阱 漫画File.1088-1090 // 服部；揭开伊织无我原公安身份；呼吸罩老人登场
动画1201-1300
1202-1203集：酒店连环爆炸案件 漫画File.1094-1096 // 世良；呼吸罩老人的司机跟踪世良与柯南；世良偷药失败；柯南确认玛丽是英国人；赤井玛丽暴露在呼吸罩老人眼前
1206-1207集：侦探团与两位引领者 漫画File.1097-1099 // 少团；柯南担心灰原身份喊赤井秀一帮忙；若狭留美称灰原为“科学家”；若狭见秀一截拳道想起赤井务武
1208-1209集：怪盗基德与王冠魔术 漫画File.1100-1102 // 基德；朗姆向柯南打听若狭留美；拐杖老人登场
1222-1225集：17年前的真相系列 漫画File.1103-1109 // 黑田与若狭互相试探；朗姆现身；黑田讲述17年前羽田浩司案；阿曼达、浅香回忆登场；阿曼达与羽田浩司服药身亡；确认朗姆为二代目
1227-1228集：吃人教室的古怪 漫画File.1110-1112 // 柯南怀疑身高未长与药物有关；若狭关注灰原并注意到朗姆监视
1229-1230集：我当管家的原因 漫画File.1113-1115 // 服部；揭露风见与伊织是同学；拐杖老人指示安室透调查柯南，安室向黑田隐瞒
1236-1237集：鹫雄山的红莲骷髅 漫画File.1116-1118 // 服部；服部平次第六次正式告白失败
1242-1243集：红砖仓库 消失的绑架犯 漫画File.1123-1125 // 少团；安室透监听柯南被发现
1252-1253集：基德对决白马 青之王座 漫画File.1119-1122 // 基德；白马探登场；新兰发糖
1264-1265集：谁绑架了柯南与小梓？ 漫画File.1126-1128 // 世良；世良调查案情